现代维吾尔人对生肖比较陌生，比起汉人很少提到生肖。维吾尔人中广泛流传一个有关生肖纪念法的传说。
乌古斯汗打算研究之前发生过的一次战争，结果发现竟把这次战争发生的年代搞错了。因此，可汗与自己的大臣民们商议，并说如果我们搞错了这段历史，我们的子孙后代也会同样错下去。所 以，我们根据十二月和黄道十二宫，给每一年和每个月各取一个名字，今后的纪年就以这些年循环推算。它将成为我们留下的一个永恒的纪念。大臣们一致赞同可汗的意见。为了确定生肖的名字，可汗率领臣子们去狩猎，并下令将所有的野生动物趋向伊犁河。这是汗国内的一条很大的河流，人们把这些动物往伊犁河驱赶。一些动物跳进水里，其中有十二种动物泅水过了河。于是便用这十二种动物的名字当作十二个年的名称，并按照这些动物过河的先后顺序命名。最先过去的本来是老鼠，所以生肖的起始便以它的名字命名，而被称为鼠年。此后，就以它们泅水过河的先后顺序为每一年命名：kala yil（牛年）、yolwas yil（虎年）、toshqan yil（兔年）、biliq yil（鱼年）、yilan yil（蛇年）、at yil （马年）、qoy yil（羊年）、maymun yil（猴年）、toha yil（鸡年）、it yil（狗年）、tonguz yil（野猪年）。野猪年之后，再从鼠年重新开始 。十分巧合的是的《突厥语大词典》和吉木萨尔发现的高昌回鹘文文献都提到了这个故事，它们二者原文里的不是乌古斯汗是某突厥可汗。古代的维吾尔人也跟汉人一样，觉得不同生肖的年份具有不同的特征，根据生肖动物的特征臆测这些年各具有特殊的征兆。
祖先们认为牛生性好斗所以牛年战争增多；因为鸡的饲料是谷粒，所以鸡年食物增多农牧业会丰收，但是鸡为了寻觅谷粒把垃圾等物乱扒乱撒，所以人们中的不安也会增长，社会容易混乱；因为羊天生温顺，所以羊年天下太平而且不得主动挑起战争，但是羊贪吃需要提防儿女变得懒惰；因为鳄鱼生活在水里，所以鳄鱼年雨水多，庄稼丰收；野猪年雪多气候严寒，谣言蜂起，庄家减收；马年出生的孩子英勇好战。
维吾尔人及其先祖拥有文字传统比较晚，对拥有文字之前时期的史料记载十分短缺，所以无法考证维吾尔人及其祖先从什么时候开始使用生肖纪年法，更无法考证史前的历法传统。
蒙古国杭爱山省发现了一个属于公元553-572年在位的木杆可汗和572-581年在位的佗钵可汗时期的碑铭《布古特碑》，该碑提到佗钵可汗于兔年登基，。这与中原史料里的记载的佗钵可汗即位于北周天和六年 ，也就是跟汉历辛卯兔年，公元571年，吻合。 这是内亚突厥语游牧族群史上第一次记载的年份。
《布古特碑》：而今，你，圣天摩诃特勤成为国君。即便与他不同，你仍需公平分配钱财，善待国民。圣天摩诃特勤听取这些意见后即于兔年继位，他执政六年，佗钵可汗 ( Taspar) 又向诸天神乞灵。《阙特勤碑》：阙特勤辞世于羊年（正月）十七 日。九月二十七日，我们葬礼（yoğ）。对于修祠庙、装饰工程与竖墓碑，我们于猴年七月二 十七日竣工。回鹘汗国（漠北）时期的碑文里所有年份都是用生肖纪年法。迄今发现较早使用十二属相的回鹘古代文献是为纪念汗国第二代大可汗磨延啜汗立的突厥卢尼文《磨延啜碑》、《铁尔浑碑》和《台斯碑》。《磨延啜碑》标有有羊年( 743)、taqighv yil鸡年( 745)、laghzin yil野猪 年( 747) 、bars yil虎年( 750)、tabishghan yil兔年( 751)、qoy yil羊年( 755)、taqghv yil鸡年 ( 757); 《铁尔浑碑》上有yilan yil蛇年 ( 741)、qoy yil羊年( 743)、bechin yil猴年( 744)、、laghzin yil野猪年 ( 747)、küsghv yil鼠年( 748)、ulw yil龙年( 752)。《台斯碑》仅有一个taqghv yil鸡年(757)。
回鹘汗国末期因为受到了摩尼教和粟特文明的影响，回鹘人大范围介绍粟特文化，生肖也同样的发生了一些变化。比如ulw龙年变成näk 鳄鱼年（在清代被称为鱼年，在一些察合台语文献中也有将龙年称为鲨鱼年），laghzin yil野猪年变成tonguz 野猪年等。
高昌回鹘汗国有段时间引用了汉族的天干地支说法，并用音译十二地支和用回鹘语重新翻译建除12神的方式一一对应。
漠北汗国灭亡，从汗国核心地带迁移到西部边疆区的回鹘人，尽管经济文化形态发生巨大转型，但不仅延续了生肖法的使用，而且还融入很多本族文化因素到历法中，使其变得更加完善，维吾尔传统历法是参考粟特人的，后来又根据景教的传播修正，使其的一年长度跟公历一样，但是一年从公历的3月21号开始（跟摩尼教传入的波斯历法），大月为31天，小月为30天。
计算年份时 中原历法以天干地支按顺序两两相配，至六十循环一周，称为一个 甲子，也有以年数为连环重复计算的十二生肖纪年法和将天干地支与十二生肖相互连起计算的方法。而维吾尔十二生肖历法，由于不用天干，因此十二年循环一周。
维吾尔人改教伊斯兰教后虽然官方上采用了伊斯兰历法，但是维吾尔传统历法一直保留，一直到上个世纪60-70年代全面采用公历后，传统历法跟伊斯兰历法一同被废止。
现代维吾尔人的另一个较大族源南疆东伊朗语支各族群也有自己的生肖纪年法。
和田地区出土了，年代约在公元 5－11 世纪的于阗文书，于阗的生肖纪年与内地的干支纪年是对应的，其 生肖名称依次为子鼠（mūla）、丑牛（gūha）、寅虎（muyi）、卯兔（sahaica）、辰龙（nā）、巳 蛇（śśayda）、午马（aśśa）、未羊（pasa）、申猴（makala）、酉鸡（krńga）、戌狗（śve）、亥 猪（pāśa）。
发现于新疆库车一带的龟兹语文书多属公元 5－8 世纪，据研究情况，龟兹文书 的生肖名称为子鼠（arśakärśa）、丑牛（lokso）、寅虎（mewiyo）、卯兔（şaşe）、辰龙（nāge） 、 巳蛇（auk）、午马（yakwe）、未羊（śaiyye）、申猴（mokomśke）、酉鸡（kranko）、戌狗（kū） 、 亥猪（suwo） 。
5―7世纪的焉耆语文献中的生肖名称虽不全，但也存有寅虎（ypesumts?）、辰龙（nāke） 、 午马（yuk）、未羊（śoś）、申猴（mkow）和戌狗（ku）的名称。
图木舒克语文书中也发现了采用十二生肖纪年的现象。