据有的学者考证，奇门遁甲在周秦时期叫“阴符”，汉魏时期名“六甲”，晋隋唐宋称“遁甲”，明清以来才叫“奇门遁甲”。从历史来看，各朝代凡真正精通奇门遁甲的术士，绝大多数都服务于朝廷统治阶层，如三国时期的诸葛亮、汉代张良、明朝刘伯温等等，因此，奇门遁甲又有“帝王之学”之美誉。
关于奇门遁甲的起源，在古籍《秘藏通玄变化六阴洞微遁甲真经》、《轩辕本纪》、《神机制敌太白阴经》、《烟波钓叟歌》等多有记载，大致为当年蚩尤作乱，黄帝频战不克，九天玄女授奇门遁甲术于轩辕黄帝，助黄帝以灭蚩尤，以此来推，奇门遁甲至今已有五千余年的历史。
《太平御览》卷15引《志林》：“黄帝蚩尤作大雾弥三日，军人皆惑，黄帝乃令风后法斗机作掼南车以别四方，遂擒蚩尤。”这段文字，实际上是汉以后的好事之徒所编造。
历史上记载“奇门遁甲”，应以《抱朴子》之论为最早。葛洪在《抱朴子》里对遁甲术的记载要比《后汉书》所记早了近一个世纪，结合《隋书·经籍志》记录的遁甲书的各种署名，可以确定历史上葛洪是将奇门遁甲术公布于社会的第一人，葛洪对奇门遁甲术的传播起了重要作用。
《后汉书·方术传序》：“又有风角、遁甲、七政……之术。”注：“遁甲，推六甲之阴而隐遁也。”
《易纬·乾凿度》。以十干中的“乙、丙、丁”为三奇，以八卦变相“休、生、伤、杜、景、死、惊、开”为八门，合称奇门。以十干中的“甲”最尊贵而不显露，“六甲”隐于“戊己庚辛壬癸”这六仪中。三奇和六仪置于九宫，“甲”不占宫，故称遁甲。
唐代李筌在注解这一句话时说: “《天一遁甲经》云:九天之上可以陈兵，九地之下可以伏藏，常以直符加时干。后一所临宫为九天，后二所临宫为九地。地者静而利藏，天者动而利动。故魏武不明于遁，以九地为山川、九天为天时也。夫以天一太乙之遁幽微，知而用之，故全也。经云：知三避五，魁然独处。能知三五，横行天下，以此法出，不拘诸咎，则其义也。”(注:天一，指奇门遁甲；太乙，指太乙金镜式。知三避五，三指开、休、生三吉门；五指其余五凶门，即伤、杜、景、死、惊等。)
《四库总目提要》考证说：“考汉志所列惟风后六甲，风后孤虚而已，于奇遁尚无明文。至梁间文帝乐府，始有三门应遁甲语，陈书武帝纪，遁甲金名遂见于史，则其学殆盛于南北朝。”
遁甲又称循甲，宋赵彦卫《云麓漫钞》卷九说遁甲以六甲循环推数，故称循甲。宋代杨维德等撰《遁甲符应经》三卷，有线装本保存。但作者尚待考证。
明代程道生撰《遁甲演义》四卷，五巽撰《遁甲吉方直指》一卷，此书删诸凶时，传注吉门，郭抑廉编《奇门说要》一卷，是抄录其他书籍而成，还有托名于刘基的《新锓烟波钓徒奇门定局》一卷。
明代景秦元年，国子监祭酒李时勉曾上书，建议学习兵法的人应当掌握奇门。《明英宗录》卷190载录其奏文云：“夫为将，固当知古兵法；而用兵又在审日时之利；日时之利在用奇门。盖奇门乃黄帝战蚩尤时所立法，也于行兵用之。古之为将，未有不用此者，乞择武臣子弟年少，聪明者，俾学习之。既知兵法，又谙相术，则用兵之际必多取胜也。”
清代史易撰《奇门臆解》一卷。于恺撰《奇门占验》一卷。汪汉谋编《禽遁七元成局书》十四卷，《四库总目提要》云：“所条列颇井井，世之为兵家言者，每称之。然考其所列翻禽倒将之法，亦俱舛互失次。”
之后在很长一段时间内，易学界都爱争论，到底是飞盘奇门正宗还是转盘奇门正宗。
奇门遁甲被研习者推崇到至高无上的地位，诸如“学会奇门遁，来人不用问”的评价，被称为“帝王之术”、“方术之王”， “于方术之中，最有理致”，“精通三式乃为神”等等。奇门遁甲也被推上了风口浪尖，都在研究这个奇门遁甲，有人研究飞盘，有人研究转盘。
从字面上就可以做一个大体的区分，转盘奇门的关键点是转，飞盘奇门遁甲的关键点是飞。奇门遁甲自古分成飞盘与转盘两种。在飞盘奇门遁甲中，用的是九神，即：值符、螣蛇、太阴、六合、勾陈、太常、朱雀、九地、九天。而在转盘奇门遁甲中，用的是八神，又称八诈神，即：值符、螣蛇、太阴、六合、白虎、玄武、九地、九天。
转盘奇门遁甲的九星顺序为：蓬、任、冲、辅、英、芮（禽）、柱、心；转盘奇门的八门顺序为：休、生、伤、杜、景、死、惊、开；
飞盘奇门遁甲的九星顺序为：蓬、芮、冲、辅、禽、心、柱、任、英；飞盘奇门遁甲的八门顺序为：休、死、伤、杜、开、惊、生、景。
从上面的内容可以看出，飞盘奇门遁甲与转盘奇门遁甲在排局上有很大的区别。由于飞盘奇门遁甲用的是九神，故从数学的排列与组合这个角度来讲，飞盘奇门所排出来的局的总数量要多于转盘奇门。因此，很多奇门爱好者与研究者都认为：飞盘奇门遁甲比转盘奇门遁甲更加精确、细致、准确。
我在大量的实践中有这样的体会：转盘奇门遁甲排出局之后，如果有一个星伏吟或返吟，则其余的星全都伏吟或返吟，八门亦同样如此。但飞盘奇门则不然，在一个起好的飞盘奇门局中，如果有一个星为伏吟，而其余的星未必是伏吟，如果有一个星为返吟，而其余的星也未必是返吟。甚至常常会遇到在一个局中，有一个星处于伏吟状态，而另一个星却处于返吟状态，八门也同样如此。
飞盘研究的是气流飞布的过程，转研究的是阴阳流转后最终的结局。也就是说飞的重心在于过程的揭示，转的重心在于结果的阐述。实际上转是飞的结果，飞是转的过程。两者最大的区别在于粗细程度上。所以很多转的技法用到飞上是错的，同样飞的技法用到转上也是错的。飞相对于转最大的优点在于其对事件发展过程精细的描述，如同屠牲，你可以看到从抓住牛到牛死的每个细节。而转揭示给你的是究竟这头牛被杀了没有。至于屠生的细节你从转中是看不出来的。再如同一场足球比赛，飞就是现场直播，而转就是第四官员在赛后出具的本场赛事确定结果的认定。从这里面我们可以看出，飞相对于转优点更大，当然由于其揭示的过程细节太多，对于应用不熟练的人在判断时容易混淆过程和结果的性质，容易把过程当结果。但这不是飞的缺陷，而是人的缺陷。相反，转是干瘪的，也是明确的。在这一点上转更容学，更容易入手。但如果想成为奇门大家，飞是不二选择。
奇门遁甲中地盘有九个空格，但是神跟门都是八个，所以多出来的中宫一直不好解决，转盘中一直在2宫或者8宫，每个流派不一样，选的位置也不一样，其中九星中的天禽星也是在2宫里。飞盘奇门就不是这么算的。（以上见解仅供参考，如有不同的见解可以再后台留言）
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