生肖产生于远古动物崇拜、图腾崇拜的氛围之中，人们仅是用动物来借代序数符号与地支相配。至于为什么选择这十二种动物，谁先谁后，按照什么样的顺序排列并没有定论。由于生肖是产生于远古的古老文化，而时间的久远又使人们已将排列的初衷丢失了，因此今人的传说故事只是对它的附会，只能依赖于传说和想像。综台历代关于生肖的排列问题，大致有以下解释：
一是民间传说故事中的生肖排列。
汉族民间故事说，当年轩辕黄帝要选十二种动物担任宫廷卫士，猫托老鼠报名，老鼠给忘了，结果猫没有选上，从此与鼠结下冤家。大象也来参赛，被老鼠钻进鼻子，给赶跑了。其余的动物，原本推牛为首，老鼠却窜到牛背上，猪也跟着起哄，于是老鼠排第一，猪排最后。虎和龙不服，被封为山中之王和海中之王，排在鼠和牛的后面。兔子又不服，和龙赛跑，结果排在了龙的前面。狗又不平，一气之下咬了兔子，为此被罚列在倒数第二的位置。蛇、马、羊、猴、鸡也经过一番较量，一一排定了各自的位置，最后形成了鼠、牛、虎、兔、龙、蛇、马、羊、猴、鸡、狗、猪的顺序。传说故事虽不是一种有根据的科学解释，但它却体现了人们希望对十二生月的选择作出解释的愿望。
二是中国古代学者从古代昼夜十二时辰的角度解说地支和肖兽的配属关系。
清代刘献廷《广阳杂记》引李长卿《松霞馆赘言》： 鼠无牙、牛无齿、虎无脾、兔无唇、龙无耳、蛇无足、马无胆、羊无神(瞳)、猴无臀、鸡无肾、犬无肠、猪无筋，十二属各有不全，《草木子》论之当矣。然子何以属鼠也？”其后大意是说：黑天苟地，混沌一片，鼠，时近夜半之际出来活动，将天地间的混沌状态咬出缝隙，“鼠咬天开”，所以子属鼠。天开之后，接着要辟地，”地辟于丑”，牛耕田，该是辟地之物，所以以丑属牛。寅时是人出生之时，有生必有死，置人于死地莫过于猛虎，寅，又有敬畏之义，所以寅属虎。卯时，为日出之象，太阳本应离卦，离卦象火，内中所含阴爻，为太阳即月亮之精玉免，这样，卯便属兔了。辰，三月的卦象，此时正值群龙行雨的时节，辰自然就属了龙。巳，四月的卦象，值此之时·春草茂盛，正是蛇的好日子，如鱼儿得水一般。另外，巳时为上午，这时候蛇正归洞，因此，巳属蛇。午，下午之时，阳气达到极端，阴气正在萌生。马这种动物，驰骋奔跑。四蹄腾空，但又不时踏地。腾空为阳，踏地为阴，马在阴阳之间跃进，所以成了午的属相。羊，午后吃草为最佳时辰，容易上膘，此时为未时，故未属羊。未之后申时，是日近西山猿猴啼的时辰，并且猴子喜欢在此时伸臂跳跃，故而猴配申。酉为月亮出现之时，月亮属水，应着坎卦。坎卦，其上下阴爻，而中间的阳爻代表太阳金乌之精。因此，酉属鸡，夜幕降临，是为成时。狗正是守夜的家畜，也就与之结为成狗。接着亥时到，天地间又浸入混沌一片的状态，如同果实包裹着果核那样，亥时夜里覆盖着世间万物。猪是只知道吃的混混沌沌的生物，故此猪成了亥的属相。宋代著名理学家朱熹持此观点。
三是按中国人信阴阳的观念，将十二种动物分为阴阳两类动物的阴与阳是按动物足趾的奇偶参差排定的。
动物的前后左右足趾数一般是相同的，而鼠独是前足四，后足五，奇偶同体，物以稀为贵，当然排在第一，其后是牛，四趾 (偶)；虎，五趾(奇)；兔，四趾(偶)；龙；五趾 (奇)，蛇，无趾(同偶)；马，一趾(奇)；羊，四趾 (偶)；猴，五趾(奇)；鸡，四趾(偶)；狗，五趾 (奇)；猪，四趾(偶)。持这种说法的是宋人洪巽，明代学者郎瑛在其基础上进行了归类，在其所著的《七修类稿-十二生肖》中提出“地支在下”。因此别阴阳当看足趾数目。鼠前是四爪，偶数为阴，后足五爪，奇数为阳。子时的前半部分为昨夜之阴，后半部分为今日之阳，正好用鼠来象征子。牛、羊、猪蹄两分，鸡四爪，再加上兔缺唇且四爪，蛇蛇分，六者均应合偶数，数阴，占了六项地支。虎五爪，猴、狗也五爪，马蹄圆而不分，六者均为奇数，属阳，连同属阳的鼠，占了另外六项地支。郎瑛的归类法，是借洪巽的分类法，二者大同小异。
四是根据动物每天的活动时间确定的。
我国至迟从汉代开始，便采用十二地支记录一天的十二个时辰，每个时辰相当于两个小时，夜晚十一时到凌晨一时是子时，此时老鼠最为活跃。凌晨一时到三时，是丑时，牛正在反刍。三时到五时，是寅时，此时老虎到处游荡觅食，最为凶猛。五时到七时，为卯时，这时太阳尚未升起，月亮还挂在天上，玉兔捣药正忙。上午七时到九时，为辰时，这正是神龙行雨的好时光。九时到十一时，为巳时，蛇开始活跃起来。上午十一时到下午一时，阳气正盛，为午时，正是天马行空的时候。下午一时到三时，是未时，羊在这时吃草，会长得更壮。下午三时到五时，为申时，这时猴子活跃起来。五时到七时，为酉时，夜幕降临，鸡开始归窝。晚上七时到九时，为戌时，狗开始守夜。晚上九时到十一时，为亥时，此时万籁俱寂，猪正在酣睡。
